Los enemigos naturales del vencejo común incluyen alcotanes, halcones peregrinos, cernícalos, gavilanes y búhos (lechuza común, cárabo común, búho real), que, sin embargo, normalmente solo juegan un papel importante en períodos fríos y húmedos cuando los vencejos están debilitados por la falta de alimento.
El cernícalo vulgar (Falco tinnunculus) se ha considerado, y se sigue considerando, erróneamente, inofensivo para los vencejos, pero está adquiriendo cada vez mayor importancia, especialmente en zonas urbanas, ya que allí tiene pocos depredadores naturales, se reproduce sin control —en parte gracias a medidas de conservación humanas como la sobreabundancia de nidos artificiales— y, debido a la falta de sus presas habituales (p. ej., ratones), se ha consolidado como un ave cazadora. Cada vez hay más informes de cernícalos que arrancan deliberadamente crías de vencejos de sus nidos e incluso atacan a vencejos adultos y golondrinas en vuelo, para quienes el cernícalo anteriormente no representaba una amenaza. Este alarmante fenómeno ha sido ignorado hasta ahora por la mayoría de los ornitólogos y organizaciones de conservación.
Los vencejos a veces mueren en sus nidos por ataqued de comadrejas o garduñas. Los gatos domésticos tienen bastante éxito cazando vencejos que vuelan a baja altura cuando hace mal tiempo.
El mayor enemigo del vencejo común, sin embargo, es –aunque quizá sin intención– el hombre, que lo priva de sus medios de supervivencia mediante la destrucción progresiva de sus lugares de nidificación.
